Спасибо за помощь! Нашел решение, нужно в "Свойствах типа" в "Параметрах типа" задать "Огибание в местах вставки элементов" и "Огибание в торцах стен"...

Абсолютно то же самое. На разрезе слои сходятся корректно, а на 3д виде просвечивает торец верхнего слоя. Может быть отображение видов где-то нужно ...