В вашем случае обе половины )))

Мне интересно, может ли быть организована работа, когда, к примеру, отдельные колонны/фундаменты/приямки/лотки и прочее, создаются и армируются каждый в отдельном файле и загружаются в проект ссылками? 

Я работал обычно так, что армировался один элемент из каждой марки, на это и все спецификации настроены. Если же вставляется и копируется связь, то арматура будет в каждом экземпляре, как фильтровать это в спецификации на монолитную конструкцию? Если б можно было из связи дернуть оформленные в ней же спецухи, это бы помогло...